Қазақстанның ядролық университеті Жауапкершілігі шектеулі серіктестік ретінде 2004 жылдың қыркүйек айында құрылды (2004 ж. 01 наурыз № 59 «Қазатомөнеркәсіп» ҰАК» АҚ Президентінің жарлығы).). 2016 жылдың сәуірінен бері - «Жоғары технологиялар институты» ЖШС-нің филиалы.